Chip-Seq 是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。
3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本,在杂交之前需要进行LM-PCR,但可能导致背景增高,竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq 仅需要纳克级起始材料,如SOLiD 起始材料可低至20ng。