Chip-Seq 是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息，是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段，为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。
1、确定组蛋白修饰的位置及其与基因表达的关系。
2、完成对转录因子及其它蛋白在基因组上结合位点的精准定位。
3、研究特定的核小体或组蛋白的分布。
1、ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能代表全基因组部分序列，所获得的杂交信息具有偏向性。
2、对于结合位点分析，ChIP-Seq 通过寻找“峰”，结合分辨率可精确到10~30 bp，而芯片上探针由于长度所限，无法精确定位，即使目前最高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率。
3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本，在杂交之前需要进行LM-PCR，但可能导致背景增高，竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq 仅需要纳克级起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。
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